La ciudad fue fundada en 1542 por el monje franciscano Fray Juan de San Miguel, quien bautizó el asentamiento como San Miguel el Grande. Era un punto de paso importante del Antiguo Camino Real, parte de la ruta de plata que se conectaba conZacatecas.
El pueblo se destacó prominentemente durante la Guerra de Independencia de México. Ignacio Allende, nativo de San Miguel, fue un líder clave en la guerra contra la dominación española. Capturado cuando marchaba hacia Estados Unidos en busca de armas, fue juzgado en Chihuahua, sentenciado y fusilado. Su cabeza fue expuesta en uno de los ángulos de la Alhóndiga de Granaditas en Guanajuato junto a las de Miguel Hidalgo, Juan Aldama y Mariano Jiménez. La población de San Miguel el Grande fue elevada a ciudad el 8 de marzo de 1826 y cambió el nombre por "San Miguel de Allende" en honor al héroe nacional.
Para la década de 1900, San Miguel de Allende estuvo a punto de convertirse en un pueblo fantasma. En 1926 fue declarado monumento histórico por el Gobierno mexicano, por lo que desde entonces el desarrollo en el distrito histórico está restringido para conservar el carácter colonial del pueblo.
Durante la década de 1950, San Miguel de Allende se convirtió en un lugar turístico conocido por su bella arquitectura colonial y sus fuentes termales. Después de la Segunda Guerra Mundial, San Miguel comenzó a revivir sus atractivos turísticos cuando muchos soldados norteamericanos fuera de servicio descubrieron que los servicios educativos de instituciones de EE. UU.acreditaban al Instituto Allende (fundado en 1950), por lo que se garantizaba la educación de su familia, dado lo cual empezaron a pasar largas temporadas en esta ciudad.
El lugar es famoso a nivel mundial por su clima templado, los ojos de agua termal y su arquitectura. San Miguel de Allende ha atraído una gran comunidad de residentes extranjeros, que componen gran parte de la población.
San Miguel cuenta con numerosas iglesias católicas con fachadas hermosas de cantera, pero la más espectacular, la Parroquia de San Miguel Arcángel, Convertida en el símbolo de la ciudad; esta interesante mole de cantera rosa, fue construida en el siglo XVIII con una portada en estilo barroco. Hacia 1880 se le sobrepuso la nueva fachada neogótica, realizada por el maestro Ceferino Gutiérrez, en la que sorprende la genial disposición de arcos ojivales, columnas y nichos con esculturas estilizadas. El interior del templo, de planta de cruz latina y decorado al estilo neoclásico, conserva algunos lienzos con temas religiosos que han sido atribuidos a los hermanos Juan y Nicolás Rodríguez Juárez. Se localiza frente a la Plaza Principal.
